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만일 전자에 의할 경우 2019년 1월 1일 이후 다주택자가 직전 주택을 양도하고 1주택을 보유한 경우라도 그 1주택이 2021년 1월 1일 이후 양도하는 경우 1주택으로 2년 이상을 보유해야 한다. 후자의 경우는 2021년 1월 1일 현재 2주택 이상을 보유한 경우에만 적용되므로 2020년 12월 31일 이전에 1주택 이외에 모든 주택을 양도해 2021년 1월 1일 현재 1주택만 보유한 경우에는 개정세법의 적용이 제외된다.
최근 기획재정부는 납세자들이 명확한 해석이 없어 주택 양도시기를 결정하지 못한 점을 감안해 지난 12월 14일에 국세청에 지침을 하달했다. 2021년 1월 1일 시행 예정인 1세대1주택 보유기간 계산 방법은 적용 대상을 2021년 1월 1일 현재 2주택 이상인 경우로 민원인에게 안내하도록 했다.
기타 논란이 되고 있는 부분은 대표적으로 아래와 같다.
첫째, 2017년 8월 3일 이후 조정대상지역에 소재한 주택을 취득한 경우 2년이상 거주를 해야 비과세를 받을 수 있는데, 새로운 개정세법에 의해 거주기간도 최종 1주택 보유시점부터 새롭게 기산해 2년 이상 요건을 충족해야 할 것인지.
둘째, 2주택 이상 소유자가 직전주택을 양도하지 않고 증여한 경우나 멸실 또는 용도변경한 경우, 세대분가를 해서 1주택자가 된 경우 등에도 양도와 동일하게 적용될 것인지.
1세대1주택 비과세 규정은 세금을 낼 것인지, 안내거나 혹은 일부만 낼 것인지의 문제라서 세부담 차이가 많이 난다. 게다가 2021년 6월은 다주택자 및 단기 매도자산에 대한 세율이 변경되고 재산세 및 종합부동산세의 과세 기준일이 되는 날이다. 세금과 관련해 이른바 계단효과가 발생할 수 있어 주택의 양도 및 보유에 대한 계획을 세울 경우 사전에 전문가와 상담해 판단하기를 권한다.