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그러나 반민특위는 1년 만에 위기를 맞았다. 1949년 5월 북한 공작원에게 협조했다는 의혹이 제기된 의원들을 구속하는 ‘국회 프락치 사건’이 발생한 것이다. 당시 이문원·노일환·서용길 의원 등 13명이 구속됐는데 대부분 반민특위에 참여하거나 반민법을 통과시켰던 소장파였다.
아이러니하게도 이 사건은 친일파로 지목된 전봉덕 헌병 사령관, 김정채 헌병 사령부 수사 정보과장, 서울지검 검사 오제도, 서울시경 국장 김태선, 서울시경 사찰과장 최운하 등이 수사했다. 구속된 의원들은 3~10년의 실형을 선고받았다.
다만 국회 프락치 사건의 도화선이 됐던 북한 공작원이 한 번도 법정에 나타나지 않았고 그해 12월 총살된 점, 훗날 오제도가 “공산당을 잡기 위해서 어쩔 수 없었다”고 발언한 점은 의문을 자아내고 있다.
특경대도 습격을 면치 못했다. 반민특위가 최운하 등 친일파를 체포하자 내무차관 장경근과 치안국장 이호는 반민특위 사무실을 습격하는 등 위협했다. 이 과정에서 특경대는 폭행당하고 분산 감금됐다. 검찰관은 총기가 압수되고, 사무실 서류와 집기를 빼앗겼다.
결국 국회 프락치 사건 한 달 만인 1949년 7월 6일 반민법 이승만 정부와 친일파들은 반민법 공소시효를 기존 1950년 6월 20일에서 1949년 8월 말로 단축하는 개정안을 통과시켰다. 이에 특위 위원 전원이 사표를 냈다.
결국 반민특위는 총 취급 건수 688건, 체포 305건, 자수 61건, 검찰 송치 559건, 기소 221건, 재판 종결 38건이라는 초라한 성적표만 남긴 채 역사의 뒤안길로 사라졌다. 입건된 반민 피의자 중 0.6%만 법정에 선 셈이다.
여기에 1951년 2월 14일에는 반민족행위처벌법등폐지에관한법률 시행으로 반민법이 폐지됐다. 이에 따라 반민법과 관련해 공소 계속 중의 사건도 공소 취소된 것으로 간주하기로 했다.
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