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대법원은 “법인세 부과처분이 취소된 이상 원천징수세액 환급금을 법인세 기납부세액으로 공제·충당 처리한 효력이 소멸하게 됐고, 이에 따라 공제·충당 처리된 원천징수세액에 관한 환급청구권은 납부 명의자인 원천징수의무자들에게 속한다”고 판시했다.
이번 사안은 과세관청이 론스타 측에 국내 고정사업장이 있다고 보고 법인세를 부과하면서, 이전에 원천징수의무자가 론스타 관련 하위 중간 지주회사에 배당금 등을 지급할 때 원천징수하여 납부한 세액을 기납부세액으로 공제·충당 처리한 것이 쟁점이었다. 이후 법인세 부과처분이 취소되자 론스타 측은 해당 원천징수세액에 대한 환급청구권이 자신들에게 있다고 주장하며 소송을 제기했다.
하지만 대법원은 이와 달리 판단했다. 대법원은 법인세 부과처분이 취소되면 원천징수세액 환급금을 법인세 기납부세액으로 공제·충당 처리한 효력도 소멸하며, 환급청구권은 납부 명의자인 원천징수의무자에게 있다고 봤다.
이후 론스타는 취소된 법인세 중 환급받지 못한 1530억원과 지방소득세 152억원에 대해 정부와 서울시를 상대로 부당이득금반환 청구 소송을 제기했었다.
이번 대법원 판결로 이 사건을 원심 법원에서 다시 심리하게 됐다. 론스타의 세금 환급 요구는 받아들여지지 않을 것으로 보인다. “과세처분이 취소됐더라도 원천징수된 세금은 그대로 남아 있어야 한다”는 정부 측 주장이 대법원에서 인정받은 셈이다.