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법원에 따르면 원고인 A씨는 지난 2013년 10월 주식 양도에 대한 79억원의 증여세를 신고·납부했고, 피고인 용산세무서는 A씨에게 신고 내역이 적정하다고 통지했다. 그러나 A씨는 이후 용산세무서의 증여세 부과 처분에 불복해 취소를 요청하는 소송을 했고, 대법원은 ‘증여이익은 증여세 과세대상이 아니다’며 A씨 승소 취지로 사건을 파기환송했다.
파기환송 후 항소심 과정에서 용산세무서는 증여세 부과를 취소하기로 하고, A씨는 소송을 취하한다는 내용의 조정권고가 이뤄져 이 사건은 종료됐다.
A씨는 이에 불복하고 다시 소송을 제기했다. 국세기본법상 국세 신고서 제출기한 다음 날로부터 5년이 지나면 국세를 부과할 수 없는데, 용산세무서는 2012년도 양도소득세를 2020년에 부과했다는 것이다.
반면 용산세무서는 앞선 재판에서 증여세를 과세할 수 없다는 확정판결이 내려졌고, 이에 기존 양도소득세의 과세표준 및 세액이 달라질 필요가 발생해 ‘특례제척기간’이 적용될 수 있다고 주장했다.
이에 A씨는법령상 특례제척기간은 확정판결을 전제로 이뤄지는데 앞선 증여세 소송은 조정권고에 따라 소송을 취하하는 방식으로 종료됐기 때문에 관련 확정판결은 존재하지 않는다고 반박했다.
재판부는 A씨의 손을 들어줬다. 재판부는 “실무상 조세항고소송에서 이뤄지는 조정권고는 법률상 조정이 아닌 사실상 조정에 불과해 판결과 똑같은 효력을 가진다고 볼 수 없다”고 판단했다.
그러면서 “따라서 이 사건 양도소득세 부과 처분은 부과제척기간이 지난 후의 처분으로서 무효”라고 판결했다.