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그렇다면 상가 소유자들과의 분쟁은 어떻게 풀어나가야 할까? 상가 소유자 입장에서 가장 유리한 시점은 조합 설립 이전 단계다. 각 동별로 과반수 이상의 동의를 받아야 하기 때문에 상가 소유자 입장에서는 재건축의 키를 쥐고 있다. 이때 독립정산제(상가 소유자의 권리, 의무 관계를 상가 소유자들이 직접 정하는 방식) 약정을 체결해서 상가 소유자의 권리와 의무를 상가 소유자들이 정하도록 하는 것이 좋다. 이때 유의할 점은 독립정산제 약정안에 대해 총회를 거쳐야 하고 이때 조합원 3분의 2 이상이 동의해야 한다는 점이다. 아예 총회에서 정관에 못을 박는 것도 방법이다.
그런데 최근 둔촌주공 재건축 사례에서 본 것처럼 이후 아파트 조합원이 총회를 거쳐 독립정산제 약정의 효력에 관해 다툴 수도 있기 때문에 철두철미하게 준비해야 한다. 조합 입장에서도 상가 소유자와 원만히 해결하는 것이 좋다. 일부 강남 재건축 단지에서는 속도를 높이기 위해 상가 소유자에게 아파트를 제공하는 경우도 있고, 독립정산제를 약정하는 사례가 꽤 있다.
독립정산제 약정도 완전한 것은 아니다. 아직 통일된 기준이 없는 까닭에 개별 조합마다 협약 내용도 제각각이다. 장차 독립정산 협약 표준안이 마련되면 약정 체결도 쉽고 후속 분쟁도 줄어들 것이다. 아울러, 재건축사업 초기 단계부터 주택과 아파트와 상가 소유자의 이해관계를 조정하는 제도적 장치가 뒷받침돼야 한다.