사무처장 신설 문제는 2009년 2월 방통위 설립 때부터 논의됐지만 차관급으로 하느냐 1급으로 하느냐를 두고 논란이었다. 여당은 원활한 업무 수행을 위해 차관급 신설을 바랐지만 야당이 여야 추천 위원이 3대2 구조인데 차관급 사무처장이 생기면 여권 입김이 세질 수 있다고 우려하면서 합의에 이르지 못했다.
그런데 이번에 1급(실장급) 사무처장직이 생긴 것이다. 이 과정에 방통위에는 국장급 자리가 하나 더 생겼는데 기존 방송정책국, 이용자정책국, 방송기반국 등 3국 체제에서 기획조정관, 방송정책국, 이용자정책국, 방송기반국 등 4국 체제로 바뀐다.
한편 이번 조직개편은 시행령 개정을 통해 이뤄졌으며, 차관급 사무처장은 아니나 전체 사무처 업무를 총괄하는 사무처장이 생긴 만큼 행정 업무에 통일성과 효율성이 높아질 것으로 예상된다.