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약 2000여 종의 마이크로RNA가 존재하며 각각 수백 개에서 수천 개의 메신저RNA를 표적한다. 일일이 실험적으로 표적 유전자를 검증하기는 많은 시간과 비용이 요구돼 여러 예측 알고리즘이 사용된다.
기존에는 마이크로RNA와 짝이 맞는 상보적 서열 정보를 토대로 표적이 되는 메신저RNA 유전자를 예측했지만 앞으로는 또 다른 특징적 서열(CUG모티프) 정보를 더해 표적을 좁힐 수 있을 전망이다.
이는 연구팀이 초병렬 서열분석 등을 통해 메신저RNA의 품질관리단백질(UPF1)과 마이크로RNA가 협력하는 새로운 유전자 조절기전(UMD라고 명명)을 규명해낸 데 따른 것이다.
연구팀은 메신저RNA가 마이크로RNA 결합 부위를 가진 경우 품질관리단백질에 의해 분해가 더 잘되는 것을 토대로 마이크로RNA에 의한 분해와 품질관리단백질에 의한 분해의 상관관계에 주목했다. 실제 품질관리단백질이 결합하는 부위(CUG 모티프)가 마이크로RNA 결합부위에 진화적으로 많이 보존돼 있음을 알아냈다.
또 마이크로RNA 양을 현저히 감소시키면 품질관리단백질에 의한 RNA 분해현상이 사라져 둘의 상호작용이 필수임을 알아냈다.
질환에 관련되는 단백질 자체나 다음 세대로 전달되는 유전자 자체를 조절하기 보다는 유전자로부터 단백질을 만들어 내는 과정의 중간산물로서 기능하고 사라지는 메신저RNA를 조절하는 방식이 약물설계에 유리한 점이 있을 것으로 기대된다.
과학기술정보통신부·한국연구재단의 중견연구지원사업 및 바이오·의료기술개발사업 등의 지원으로 수행된 이 연구의 성과는 네이처 커뮤니케이션즈(Nature Communications)에 9월 13일 게재됐다.