지난 2012년 2월 강용석 변호사는 “2010년 이준석이 산업기능요원으로 군 복무를 하면서 지식경제부주관 ‘SW 마에스트로 사업’에 참여할 당시 회사를 수차례 이탈했다”며 의혹을 제기했다.
산업기능요원은 병역의무가 있는 사람 가운데 일부를 선발해 현역으로 복무하는 대신 연구기관이나 산업체에 대체 복무하도록 하는 제도로, 8일 이상 무단결근할 경우 요원 편입이 취소돼 다시 현역 복무를 해야 한다.
이준석 위원장은 2일 페이스북을 통해 병역 의혹 관련 내용을 실은 여러 기사를 링크하며 “무혐의 결과를 빼놓고 기사를 악의적으로 쓴 부분에 대해서 철저하게 대응하겠다”고 밝혔다.
그러면서 그는 “이때 전수조사 하다가 오히려 지문인식기 기준으로 거의 1000시간 넘게 야근한 게 드러났다”고 덧붙였다.
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또 “이준석의 경우 근무중 SW마에스트로 연수 참여는 지경부로부터 받은 연수기록사항과 지정업체의 지문인식시스템에 의한 출퇴근 관리기록을 근거로 하여 직접 지정업체를 방문하여 실태조사한 결과, 회사의 취업규칙에 따라 지정업체장에게 사전 보고하여 외출 승인을 받았고 SW마에스트로 연수에 참여하기 위한 외출시간(41시간 30분) 보다 대체근무(56시간 30분)를 많이 한 것이 확인되었다”는 내용이 포함돼 있다.
그리고 그는 “(새누리)당에는 꾸준히 밝혀왔지만 7·30 재보선에 나는 전혀 출마할 의사가 없다”고 밝혔다.