기존의 특임검사 방식이 아닌 수사단 방식을 통해 추 장관과의 갈등을 피하려는 모양새를 취했지만 법무부가 이를 받아들일 지는 미지수다.
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윤 총장은 8일 “법무부장관의 지휘를 존중하고 검찰 내·외부의 의견을 고려해 채널에이 관련 전체 사건의 진상이 명확하게 규명될 수 있도록 서울고검 검사장으로 하여금 현재의 서울중앙지검 수사팀이 포함되는 독립적 수사본부를 구성하겠다”고 밝혔다. 이어 “총장의 지휘를 받지 아니하고 수사 결과만 검찰총장에게 보고하는 방식으로 공정하고 엄정하게 수사하도록 하는 방안을 법무부 장관에게 건의했다”고 덧붙였다.
이에 다음날인 3일 윤 총장은 전국검사장 간담회를 열어 전국의 고검장·검사장으로부터 의견을 들었다. 이어 지난 6일 대검찰청은 추 장관의 수사지휘권 발동에 대해 전국 검사장 간담회에서 논의된 공통 의견을 정리해 공개했다. 같은 날 이 내용을 보고받은 윤 총장은 공식 입장 표명을 하지 않고 법조계 원로 등의 의견을 청취하며 장고에 들어갔다.
이에 추 장관은 자신의 수사 지휘 수용 여부를 9일 오전까지 답변하라며 윤 총장을 재차 압박하면서 결국 윤 총장의 입장을 이끌어냈다.
하지만 서울중앙지검 수사팀이 수사하게 하고 최종 결과만 보고받으라고 요구한 추 장관이 이를 받아들일 지는 미지수다. 만약 추 장관이 윤 총장의 제안을 받아 들이지 않고 감찰 등을 단행할 경우 양측의 갈등은 겉잡을 수 없이 커질 전망이다.