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목사가 되기 위해서는 학부를 졸업한 후 교육부나 각 교단에서 인가한 총회신학교에서 3년간 목회학석사과정(M.Div.)을 공부해야 한다. 일종의 석사 과정인 셈이다. 일부 교단에서는 목회학석사 과정 이후 전도사 등 수련기간을 3년 정도 거치기도 한다.
이후 각 교단 총회에서 주관하는 준목(강도사)고시에 합격해야 한다. 준목고시는 일명 ‘목사 고시’라고 불리는 시험으로, 이 시험에 합격해야 목사 안수를 받을 수 있는 자격이 주어진다. 보통 6월에 열리는 준목고시에 합격하면 10월에 열리는 가을 정기노회 때 인허를 받는다.
준목 고시에 합격한 사람들을 대상으로 총회 산하 노회장이 1년 후에 목사 안수를 한다. 목사 안수는 선교사로 나가는 경우는 1년 이내에 받을 수도 있다.
교계 관계자들은 “비인가 교육기관에서 공부를 하는 경우가 더러 있긴 하지만 목사가 되는 자질을 갖기에 충분한 교육이 이뤄지는지는 불투명하다”고 입을 모았다.
종교 전문지인 바른미디어의 대표인 조믿음 목사는 “제대로 된 교육 과정을 거치지 않고 목사 안수증을 일주일 만에 주는 경우도 있다”며 “개신교의 큰 병폐”라고 지적했다.
여기에 개인이 교회에 간판만 달고 운영하는 비인가 신학연구원 등도 수두룩해 실제 신학대학원 숫자를 파악하긴 어렵다.
하지만 개별교회 중심으로 움직이는 개신교계 특성상 이에 대한 통제도 쉽지 않다. 개신교는 천주교, 불교와 달리 중앙집권적 조직이 없다.
개별 교단들이 모여 만든 한국교회총연합 등의 연합체가 있지만 이들이 강력한 구속력을 갖고 있지는 않다.