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매입자발행세금계산서란 세금계산서 발급의무가 있는 사업자가 재화·용역 공급 후 세금계산서를 발급하지 않으면, 공급받은 사업자(매입자)가 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발급받는 제도다. 우월한 지위의 공급 과세표준을 노출하지 않으려 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지하기 위해 2007년 7월부터 시행됐다.
A씨와 같이 세금계산서를 발급받지 못한 경우, 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 6개월 이내에 거래사실확인신청서에 거래사실 입증자료를 첨부해 관할 세무서장에게 거래사실 확인을 신청해야 한다.
이후 신청인 관할세무서장은 관련 자료를 공급자 관할세무서장에게 송부하고, 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 공급자의 거래사실여부를 확인해 공급자와 신청인 관할세무서장에게 결과를 통보하게 된다.
이후 신청인은 부가가치세 신고 또는 경정청구 시 매입자발행세금계산서 합계표를 제출하면 매입세액공제가 가능하다.
다만 매입자가 세금계산서 발급을 위해 세무서장에게 거래사실 확인을 신청하는 경우, 거래건당 공급대가(부가가치세 포함)가 10만원 이상이어야 한다. A씨는 공급대가가 330만원이었기에 거래사실 확인 신청 등이 가능하다.