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또 법무부장관에게 교정시설 외 대체복무기관을 마련할 것과, 교정시설에 복무하는 대체복무요원들의 적성과 자격 등을 고려해 업무가 부여될 수 있도록 관련 지침을 마련할 것도 권고했다.
인권위에 따르면 그간 다수의 대체역 복무자와 양심의 자유를 이유로 현역·예비역·보충역 복무를 대신해 병역을 이행하는 자들은 현행 대체복무제도에 인권침해 소지가 있다며 진정을 제기했다. 주로 육군 현역병 복무기간의 2배에 달하는 36개월 동안 합숙복무를 하도록 하는 것이 징벌적 성격을 가지고 있고, 교정시설에서 기존 수형자가 하던 업무를 수행하도록 하는 것이 부당하다는 내용이다.
또 대체복무요원들이 수행하는 업무는 시설유지와 물품관리 등 공공의 영역에 해당하는 업무로서 직원이 해야 할 업무를 인적 자원의 부족으로 수형자들이 보조했던 업무일 뿐, 공익수행자로서 대체복무요원이 수행해야 할 업무에 배치되는 업무를 부여했다고 볼 수 없다고도 했다.
현역병의 복무기간이 단축됐음에도 국방부가 대체복무요원에 대한 복무기간을 조정하지 않는 것은, 동일하게 헌법상 병역의무를 수행하는 대체복무요원들을 차별적으로 대우해 평등권을 침해하는 것이라는 판단이다.
아울러 대체복무기관 및 수행업무와 관련해 교정 분야로만 한정하는 것은 합리성을 인정하기 어렵고, 개인의 적성과 전공 등을 전혀 고려하지 않는 차별적인 처우로 행복추구권 및 평등권을 침해하고 있다고 지적했다. 대신 대체복무요원도 보충역처럼 사회복지나 소방·의료·방제·구호 등 복무난이도와 공공성·사회적 필요성이 높은 분야 업무 부여를 고려할 필요가 있다고 봤다.