국방부는 이날 입장문을 통해 “우리 군의 평시 군사대비태세 및 경계작전 임무수행은 9.19 군사합의와 무관하다”며 “우리 군은 본연의 임무를 수행 중”이라고 밝혔다.
특히 일각에서 제기하는 작전수행절차 변경으로 해군 함정 지휘관들이 경계작전에 어려움을 겪고 있다는 주장은 전혀 근거가 없다고 강조했다.
그러나 9.19 군사합의를 통해 남북군사당국이 합의한 작전수행 절차는 기존의 절차에 비해 단계별 모호성을 없애고 절차를 보다 명확히 한 것이라는게 국방부 설명이다. 경고방송 → 2차 경고방송 → 경고사격 → 2차 경고사격 → 군사적조치의 5단계로 바뀌었지만 기존 3단계 방식 보다 구체적으로 변경된 것이라는 얘기다.
국방부는 또한 “북방한계선 작전 수행 절차는 북한군 함정을 대상으로 한 것”이라며 “9.19 군사합의에 따라 변경된 작전 수행 절차는 이번 북한 소형 목선 상황과는 전혀 무관한 것”이라고 밝혔다. 이어 “9.19 군사합의 이후 지난 9개월여 동안 남북간 지상과 해상, 공중 접경지역에서 군사적 긴장을 고조시키는 행위나 활동은 한 건도 식별되지 않고 있다”고 덧붙였다.