1일 오전 7시30분쯤 서울 성북구 사랑제일교회에 모인 종암경찰서 전담수사팀은 교회 측 변호인들이 도착한 뒤인 9시 25분쯤부터 경찰관 45명을 투입해 서류, 물품, 컴퓨터 자료, 당시 폐쇄회로 TV 영상 등을 확보했다. 수색은 낮 12시 45분쯤 끝났다.
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수사팀은 창고에서 LPG가스 담긴 가스통까지 찾아내 폭력행위에 사용됐을 가능성을 확인하기 위해 모두 압수했다.
이밖에 본관과 별관, 사택을 비롯해 주차장, 지하실, 창고 등이 수색 대상이 됐다.
당시 집행 현장에서 교획 측 관계자들이 화염병을 이용해 집행인력을 위협하는 장면이 목격돼 논란이 됐다.
이후 경찰은 영상 분석 등을 통해 조사를 실시하고 압수수색 영장을 신청해 발부받았다.
또 “화염병을 먼저 던져 교회에 방화를 시도하는 등 이루 말할 수 없는 불법이 난무한 폭력집행이었다”며 집행 측에서 폭력행위를 일으켰다는 주장이다.
그러나 이날 압수수색에서 교회에서 보유할 이유가 없는 사제 화염방사기 등 물품이 압수되면서 당시 교회 측이 고의적으로 집행을 방해하기 위해 위험한 물품을 동원했다는 의심을 피할 수 없게 됐다.