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우선 국민대는 “54억에 이르는 4개 사업선정에 내밀한 거래가 작동했다는 의혹은 전혀 사실이 아니다”라고 주장했다. 이어 “교육부 등 정부 부처의 국책사업 선정과정은 매우 엄격하고 투명하게 이루어진다. 그 어떤 외압도 있을 수 없는 구조”라며 “‘54억 내밀한 거래’와 같은 근거 없는 의혹 제기는 그동안 정부지원 사업을 꾸준히 수주해 온 국민대 구성원들의 노력과 자존심을 송두리째 매도하는 것“이라 말했다.
또 “국민대학교가 2019년 이후 도이치모터스 주식 포함 2종류의 주식만 집중적으로 샀다는 주장 또한 전혀 사실이 아니다”라고 밝혔다. 그러면서 “국민대학교 법인인 국민학원 수익사업본부가 2019년부터 2021년 사이에 매매한 주식은 총 18종목이고 도이치모터스 주식은 그 중 하나일 뿐”이라 주장했다.
‘주식 매수 재원이 학생들의 등록금을 적립한 돈이다’라는 주장에 대해서도 “학생들의 등록금은 학교 회계에 속하며, 학교 회계에서 법인으로 절대 전출이 불가능하다”며 “관련 규정을 찾아보면 바로 알 수 있는 사안이고, 교육부의 특정감사에서도 문제가 없음이 명백히 밝혀진 사항으로 전혀 사실이 아니다”라고 강조했다.
국민대는 ‘주식거래를 위해 사업본부를 만들었다’는 주장에 대해서도 부정하며 “국민학원 수익사업본부가 만들어진 것은 1974년 11월이고, 당시 문교부의 인가를 득하였다. 이 수익사업본부의 수익이 법인의 학교에 대한 법정부담금으로서 교비 회계로 지원되고 있는 것”이라 해명했다.
국민대 동문 비상대책위원회가 “국민대 연구윤리위원회 예비조사위원회 회의록을 근거로 쟁점을 다뤄볼 예정이었는데 국민대가 서류 제출을 하지 않았다”며 변론 연기를 요청했고, 재판부가 이를 받아들인 것이다.
앞서 국민대는 이달 초 김 여사의 논문 4편과 관련한 부정 의혹 재조사를 마친 결과 박사학위 논문을 포함한 3편은 연구부정행위에 해당하지 않는다는 결론을 내렸다고 밝혔다. 나머지 1편은 ‘검증 불가’로 결론지었다.