국방부가 공개한 한일 군사비밀정보보호협정문에 따르면 총 21개 조항에 걸쳐 교환할 비밀의 등급과 제공 방법, 보호 원칙, 정보 열람권자의 범위, 파기 방법, 분실 및 훼손 대책, 분쟁해결 원칙 등을 정하고 있다.
제4조에 교환할 군사비밀정보의 등급을 정의했다. 한국의 ‘군사 Ⅱ급 비밀’은 일본의 ‘극비·특정비밀’에 해당하며 한국의 ‘군사 Ⅲ급 비밀’은 일본의 ‘비(秘)’에 상응하도록 규정돼 있다. 군사Ⅰ급 비밀은 협정문에 포함돼 있지 않다. 이번 협정에 따른 교환 대상이 아니라는 의미다.
국방부 관계자는 “일본과는 Ⅱ급 이하의 군사비밀만 교환하게 된다”면서 “우리의 모든 정보가 상대측에 무제한 제공되는 것이 아니라 철저한 상호주의 원칙에 따라 사안별로 엄밀한 검토를 거쳐 같은 수준의 비밀정보를 주고받게 될 것”이라고 설명했다.
군사비밀 정보는 정부 대 정부 간 경로를 통해 당사자 간에 전달된다.(제9조) 관련 정보가 보관된 시설의 보안에 대한 책임도 져야 한다.(제10조)
제11조는 전달 시 구체적 보안조치를 담고 있다. 비밀문서는 이중으로 봉인된 봉투에 담아야 하며 비밀장비는 덮개 있는 차량으로 전달한다. 또 전자 수단으로 전달할 경우엔 적절한 암호체계를 이용해야 한다.
제21조에 따르면 협정의 유효기간은 1년이다. 협정의 종료를 원하면 상대국에 종료 90일 전 외교 경로를 통해 서면으로 통보해야 한다. 이런 조치가 없으면 협정은 자동으로 1년씩 연장된다.
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