다만, 정부에서 여전히 관리감독을 계획한다는 점, 인재를 유치하기 위한 총액인건비 규모 차이, 동료와의 형평성 문제 등 해결해야 할 과제도 산적했다.
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이번 해제에 따라 4개 과학기술원은 교육·연구기관으로서의 자율·책임이 강화된다. 가령 국내외 우수 석학 유치, 박사후연구원 선발 등 과학기술원 운영상 자율성을 높일 수 있다. 또 블라인드 채용이나 여성 의무 고용 할당 등에서도 자유로워질 수 있다.
이종호 과기정통부 장관은 “4개 과학기술원이 교육·연구기관으로서의 특성이 반영된 공공기관 지정 해제를 계기로 세계 수준의 교육·연구기관으로 나갈 수 있도록 지원해가겠다”고 했다.
과학기술원의 한 관계자는 “공공기관과 교육기관 중복 등 문제가 있었던 공시의무가 사라졌고, 블라인드 채용 등 일괄적인 의무에 벗어날 수 있게 됐다”면서도 “과기정통부가 여전히 관리감독을 준비한다는 점에서 총액인건비 규제를 실질적으로 유연하게 풀어줘서 학교들이 정부 등 눈치를 안 보고 자유롭게 쓸 수 있을지 여부가 관건”이라고 했다.
또 다른 과학기술원 관계자도 “규제에서 벗어나면 자율적으로 해야 하는데 앞으로 석학급 인재를 누구를 데려왔고, 성과는 어떤지 외부에서 지적이 들어올 수도 있다”며 “(해외 석학 유치를 위한) 자체 재원이 부족하면 우수 인력을 확보하기 위한 예산 구상도 더 잘해봐야 하며, 석학 연구자와 일반 연구자와의 임금 형평성 등에 대한 내부 합의도 해나가야 할 것으로 보인다”고 했다.