시행령에는 북한인권법에서 위임한 사항과 법률 시행을 위해 필요한 절차를 규정했다. 주요 내용은 북한인권증진자문위원회 위원과 북한인권재단 임원의 자격요건을 명시, 북한인권재단의 설립 및 운영에 관한 구체적인 사항 등이다.
북한인권기록센터 운영과 관련해서는 기록 수집 절차와 방법, 법무부 이관 절차 등을 구체화하고 북한인권정책을 효과적으로 추진하기 위해 관계기관 간 협의체를 구성·운영하도록 규정했다.
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