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심판 청구 자체가 부적법해 사건에 대해 판단하지 않는다는 것이다. 재판부는 “이 사건 법률개정행위는 검사의 권한을 일부 제한하는 것을 주요 골자로 하고 있으므로, 수사권·소추권을 직접적으로 행사하지 않는 법무부장관은 청구인적격이 없다”고 했다.
또 검사들의 청구에 대해서도 “이 사건 법률개정행위는 국회가 입법사항인 수사권 및 소추권의 일부를 행정부에 속하는 국가기관 사이에서 조정·배분하도록 법률을 개정한 것으로, 검사들의 헌법상 권한침해 가능성이 인정되지 않는다”고 설명했다.
개정 검찰청법은 검찰이 직접 수사를 개시할 수 있는 범위를 기존 6대 범죄(공직자·선거·방위사업·대형참사·부패·경제)에서 2대 범죄(부패·경제)로 축소하고 수사 개시 검사가 공소를 제기할 수 없도록 정하고 있다.
개정 형사소송법은 경찰에서 송치받은 사건은 해당 사건과 동일성을 해치지 않는 범위에서만 수사할 수 있도록 보완수사 범위를 축소했다. 별건사건 수사 금지, 고발인 이의신청권 배제 조항도 포함됐다.
이에 대해 국회 측은 헌법상 검사의 수사권과 소추권을 보장한다는 명시적 규정이 없는 만큼 수사의 주체나 권한 범위는 국회가 시대 상황에 따라 입법정책적으로 결정할 문제라고 주장했다.