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윤 총장은 추미애 법무부 장관이 지난 1월 “윤 총장에게 인사 의견을 물었지만 명을 거역하고 제출하지 않았다”는 언급에 대한 의견을 묻는 의원 질문에 “한마디로 하면, 장관 취임·퇴임식에 총장은 참석하지 않고, 따로 예방한다”며 “(이것은) 상하관계가 아니라는 뜻이고. 상하 관계라면 검찰 인사에 있어서 하급자의 의견 들어 제청한다는게 법에 있겠냐”고 답했다.
윤 총장은 이어 수사지휘권 발동에 대해 “장관은 정치권이나 일반 국민 목소리 듣기가 총장보다 훨씬 쉽기 때문에 법을 따르려고만 하는 검찰보다 재량의 여지가 있다”고 말했다. 헌정 사상 최초로 수사지휘권을 발동한 천정배 전 법무부 장관에 대해서도 “(천 장관이 말씀하신 것을 기사에서 보니) 신병 구속·불구속을 놓고 천 장관이 시대도 바뀌고 불구속이 맞지 않냐고 할 때 당시 총장이 난색을 표했다”며 “총장이 불구속 지휘할 경우 일선 검사들 반발로 총장 입장이 곤란할 것을 생각해 장관이 지휘권 행사해서 편하게 해주겠다고 해서 수사권 지휘 발동됐다고 돼있었다”고 밝혔다.
또 “제가 볼 때, 장관과 총장이 충분히 소통하면, 검찰에서 장관의 조언이나 말씀이 합당하다고 생각해 보통 수용하는 경우가 많다”며 “그러면 지휘권 발동까지 갈 필요가 없지 않나 그런생각이 든다”고 덧붙였다.