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그는 윤 총장이 ‘추미애 법무부 장관의 수사지휘권 발동은 위법하다’는 의견을 낸 데에 “수사지휘권 행사가 불가피했다는 대통령의 판단을 부정하고 국민의 대표가 행정부를 통제하는 민주주의 기본 원칙을 무시하는 위험한 인식”이라고 비판했다. 이어 “검찰총장은 법무부 장관의 부하가 아니라는 윤 총장의 말은 선출되지 않은 권력이 누구 통제도 안받겠다고 선언한 것”이라며 “대검 국감 통해 민주적 통제가 더 절실해졌다”고 지적했다.
김태년 원내대표 역시 “검찰을 성역화된 신성불가침 권력기관으로 보는 윤 총장의 인식이 우려스럽다”며 “윤 총장은 권력기관의 민주적 통제라는 민주주의 기본 원리 제대로 이해 못 하는 걸로 보인다”고 지적했다.
국감에서 윤 총장과 설전을 벌였던 법사위 소속 민주당 의원들도 비판을 이어갔다. 법사위 소속인 김종민 최고위원은 최고위에서 “윤 총장의 거친 정치적 발언이 심각한 수준”이라며 “‘대통령과 장관의 합법적인 지휘·감독을 위법하다’고 발언하는 지경”이라 비판했다.
이어 “검찰총장은 대통령과 장관의 민주적 통제, 민주적 지휘·감독에 따라야하며 윤 총장의 이 같은 행동은 검찰이라는 조직을 끌고 정치에 뛰어드는 것”이라며 ‘정치행위’로 규정했다.
신동근 민주당 최고위원은 윤 총장이 ‘나는 추미애 법무부 장관의 부하가 아니다’란 발언을 문제 삼았다. 그러면서 ‘임기 마친 후에 국민에게 봉사할 길이 뭔지 고민해보겠다’는 말에 “이분이 정치할 생각이 있구나(로 해석했다)”라고 말했다.
신 최고위원은 “윤 총장의 발언은 피감기관 증인으로서 부적절하며 거의 정치인 수준, 정치인을 목표로 두고 발언한 게 아닌가(라고 봤다)”며 “지난번 황교안 대표도 봤지만 국민들은 권력기관 출신들을 별로 좋아하지 않는다. 왜냐하면 헌신과 희생보다는 어쨌든 권력기관에 있는 자체가 거의 갑의 위치에 있었기 때문”이라고 깎아 내렸다.