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결국 해당 군무원은 시체 방부 처리용으로 사용되는 포름알데히드 20박스 분량의 용액 470병(1병 용량 475ml) 총 223리터의 포름알데히드를 영안실 싱크대를 통해 하수구에 버렸다. 유독 물질인 포름알데히드가 아무런 정화 처리 없이 하수구를 통해 한강으로 유입된 것이다. 미 육군 사망 시 시체의 본국 송환을 위해 방부 처리하는데 쓰이는 포름알데히드와 같은 독극물은 원칙상 일본 오키나와에 있는 미군 기지에서 처리하게 돼 있었으나 이 같은 원칙이 지켜지지 않았다.
이후 같은 해 5월 15일 당시 집행자의 진술을 통해 미 8군 34사령부에 보고됐으나 34사령부는 7월 10일 ‘물에 희석하면 아무런 문제가 없다’는 결론을 내렸다. 하지만 실제 집행을 한 군무원은 약품 처리 후 구토와 메스꺼움 등의 증상을 호소하며 3주 간 병가를 낸 것으로 확인됐다. 이에 분노한 용역 노동자가 환경운동 시민단체인 녹색연합에 이 같은 사실을 알렸고 녹색연합은 7월 13일 이를 발표했다. 녹색연합은 이 사건에 대한 확인 조사 과정에서 미군이 버린 포름알데히드의 일부를 확보했다. 또 사건 당시 포착된 포름알데히드 방류 사진 및 그와 관련된 공문도 입수했다.
하지만 한국 정부는 죄질의 심각성을 고려할 때 형사재판권은 한국 측에 있다면서 2003년 12월 피고인 없이 궐석재판을 진행했다. 1심에서 맥팔랜드는 수질환경보전법 위반죄로 징역 6개월의 실형을 선고 받았다. 미군부대 소속 미국 국적 민간인에 대한 한국 법원의 형사재판권이 인정된 첫 사건이었다. 미군 당국은 대한민국의 재판권 자체를 인정할 수 없다며 항소도 하지 않겠다는 뜻을 밝혔으나 항소 만료 시한 하루를 앞두고 맥팔랜드는 항소했다. 항소심에 출석한 맥팔랜드는 2005년 1월, 징역 6개월에 집행유예 2년을 선고 받았다.
맥팔랜드 사건으로 주한미군에 의한 환경 오염의 심각성과 이를 규제할 규정이 없는 SOFA의 개정 요구가 거세졌다. 이에 2000년 7월 24일 페트로스키 미8군사령관을 대신해 새무얼 테일러 주한미군 공보실장은 “한국 국민께 불안과 심려를 끼친 데 대해 가슴 깊이 사과한다”며 사과문을 전달했다. 미8군사령관이 주한미군의 잘못된 행위에 대해 공식 사과를 한 것은 1945년 해방과 함께 주한미군이 한국에 주둔한 이후 처음 있는 일이었다.
결국 이 사건 이후 한미 양국은 2000년 12월 타결된 2차 SOFA 개정에서 미군의 한국 환경 법령 존중을 내용으로 하는 환경 조항을 법적 효력이 있는 합의의사록에 규정했다. 또 이에 근거한 환경 보호 협력 조처를 포함하는 내용의 특별 양해각서(MOU)를 체결했다. 하지만 이후 계속된 미군의 대한민국 사법부를 무시하는 듯한 태도와 2002년 발생한 미군 장갑차에 의한 중학생 압사 사건으로 반미 감정은 더욱 증폭됐다.
한편 2006년에 개봉한 봉준호 감독의 1000만 관객 동원 영화 <괴물>에서 한강에 등장한 괴물은 이 사건에서 미군이 한강에 버린 맹독성 물질로 인해 생긴 돌연변이로 나온다. 봉 감독은 이 사건에서 영화의 모티프를 얻었음을 밝히기도 했다.