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물론 다양한 타겟 발굴과 이에 대한 화합물 탐색이 이루어지고 있지만 현재 제약기업에서 개발 진행 중에 있는 표적 항암제는 주로 암세포에 존재하는 수용체와 단백질 인산화 효소(kinase)의 활동을 저해하는 화합물 탐색에 집중하고 있다.
그러나 암세포에만 존재하는 수용체는 현실적으로 존재하기 어려우며, 인산화 효소의 경우도 정상적인 생존 활동에 반드시 필요한 효소의 활동을 막았을 때 발생하는 부작용과 인체의 조절 작용은 항상 우회 경로가 있어서 특정 효소의 활동을 막더라도 우회 경로를 통해 암세포 성장이 가능하다는 문제점이 있다.
위의 문제를 해결하기 위해 떠오르는 새로운 신약의 공격 목표 가운데 하나가 PPI이다. PPI란 두 개 이상의 단백질 분자가 물리적으로 연결된 것을 말한다. 대부분의 신호 전달이 일어나는 단백질을 이용한 신호 전달의 핵심적인 역할을 수행한다. 하지만 PPI가 진행되기 위해서는 먼저 단백질 인산화가 일어나야 하기 때문에 PPI의 핵심인 단백질 인산화 기술에 대한 이해와 인산화 단백질의 구조 분석이 선행되어야 한다.
특히 단백질의 특정한 위치를 인산화 하는 과정은 기술적으로 매우 어려운 과제이며 높은 기술력이 필요하며, 현재 새로운 인산화 단백질 생성 및 구조 분석과 관련된 과제를 수행중인 기업과 기존 인산화 단백질의 구조 규명을 통한 신약 개발의 타깃을 발굴하는 기업들이 많이 설립되고 있다.
기초 연구를 통해 발굴한 타깃 PPI를 만들고 이를 통한 화합물 탐색을 수행하거나 아예 새로운 PPI를 만들어 효과를 확인하는 과정이 진행되고 있으며 이후 과정은 다른 항암제 개발과 마찬가지로 선도물질 발굴과 동물 실험을 통한 효과확인 및 이 과정 반복을 통한 후보물질 발굴 과정으로 이어지며 타깃이 새롭기 때문에 기존 약물과는 완전히 다른 효과와 작은 부작용을 갖는 신약이 발굴될 확률이 높다.