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이처럼 우리나라 역대 정부는 부동산 조세 정책을 부동산 경기를 조정하는 수단으로 활용해왔다. 그러나 이러한 냉온탕 정책은 결과적으로 부동산시장을 왜곡시키고 롤러코스터처럼 출렁거리게 했다.
특히 많은 전문가들은 역대 정부가 정책적 부담이 큰 보유세(재산세·종합부동산세)보다는 거래세(취득세·양도세)를 통해 부동산시장을 조정하려고 하면서 부동산 세제의 구조적인 문제를 일으켰다고 지적한다. 전체 자산에서 부동산 비중이 큰 우리나라의 특성상 부동산 보유세 개편은 더 많은 이들의 조세 저항을 야기할 것으로 판단했다는 것이다. 반면 거래세는 주택을 사고 팔 때 부과되는 만큼 이에 대한 부담이 훨씬 더 적은 편이다. 그 결과 취득세 등 거래세는 주택 가격의 1%가 넘지만 재산세와 종합부동산세 등 보유세는 집값의 0.1~0.3% 정도에 불과하게 됐다.
보유세 개편이 본격적으로 도마 위에 오른 시기는 노무현 정부 때다. 김대중 정부가 외환위기 이후 경기 부양을 위해 부동산 시장 활성화 대책을 쏟아낸 결과 2000년 초부터 집값이 급등하자 노무현 정부는 2003년 10·29 대책을 통해 개인이 전국에 보유하고 있는 부동산 가액을 합산해 일정액 이상이면 세금을 부과하는 종부세를 처음으로 도입했다.
종부세가 과연 부동산시장을 안정화시키는데 효과를 발휘했는가. 이에 대해서는 의견이 엇갈린다. 종부세의 효과가 미비하다고 주장하는 이는 노무현 정부가 꺼내든 각종 규제에도 불구하고 주택시장이 안정되지 못했다고 지적한다. 실제 한국감정원에 따르면 2003~2007년 전국 주택 매매가격은 연평균 4.2% 올랐다. 특히 강남권은 상승률이 20%대에 달하기도 했다.
현재는 2014년 이후 최근 4년간 주택 공급이 충분히 이뤄진 상태다. 시중금리 역시 지속적으로 오르고 있다. 이런 상황에서 부동산 세제 개편은 과거 노무현 정부 때보다 더 훨씬 큰 영향을 줄 가능성이 크다는 전망이 나온다. 함영진 직방 데이터랩장은 “보유세가 오르고 거래세가 내리면 집을 계속 보유하기 보다는 팔아야 하겠다는 이들이 많아질 것”이라면서도 “다만 주택 구매 및 양도 결정 시 해당 주택의 향후 가치 상승 등을 고려하기 때문에 지역별 양극화는 더욱 심해질 수 있다”고 전망했다.