벤처기업서 빠진 두나무, 법인세 감면도 제외…法 "정당"

[이데일리 박정수 기자] 지난 2018년 벤처기업 인증이 취소된 두나무에 대한 감면 없는 과세연도(2018년) 법인세 부과는 정당하다는 법원 판결이 나왔다.

사진=이데일리DB

28일 법조계에 따르면 서울행정법원 제4부는 두나무가 역삼세무서를 상대로 제기한 법인세 경정거부 처분 취소 소송에서 최근 원고 패소판결을 내렸다.

두나무는 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 2017년 벤처기업에 해당한다는 확인(유효기간 2017년 9월~2019년 9월)을 받았다. 하지만 2018년 10월 벤처기업법 시행령 개정에 따라 ‘블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업’이 벤처기업에 포함되지 않는 업종에 추가됐고, 같은 해 12월 두나무가 벤처기업에서 빠지게 됐다.

두나무는 서울행정법원에 벤처기업 확인 취소 처분에 대한 취소 청구와 집행정지를 신청했으나 패소했다. 이후 두나무는 2020년 8월 2018사업연도 법인세 신고 시 구 조세특례제한법에서 정한 창업벤처중소기업에 대한 세액 감면이 누락됐음을 이유로 법인세 약 248억원의 환급을 구하는 경정청구를 했다.

그러나 역삼세무서는 2021년 1월 두나무가 세액 감면 요건인 벤처기업에 해당하지 않는다고 보아 경정을 거부했다. 이에 두나무는 처분에 불복해 2021년 4월 조세심판원에 심판 청구를 했으나, 조세심판원은 같은 해 12월 청구를 기각했다.

두나무 측은 이 사건에 적용될 조세특례제한법 규정에 의하면 원고는 2018 사업연도 당시 창업벤처중소기업 감면 대상에 해당한다고 주장했다.

특히 벤처기업확인에 의해 그 확인의 유효기간인 최소 2년간 법인세를 감면받을 것이라 정당하게 신뢰하고 있었고, 원고의 신뢰를 침해하면서까지 달성돼야 할 공익도 존재하지 않는바, 이 사건 처분은 신뢰보호 원칙에 반해 위법하다고 강조했다.

재판부는 “벤처기업 확인 취소 처분은 2018년 12월 이뤄졌으므로, 피고로서는 과세연도(2018년)에 관한 원고의 법인세를 감면해서는 안 된다”며 “더욱이 이 사건 벤처기업 확인 취소 처분은 선행 판결에 따라 적법한 것으로 확정됐고, 과세관청인 피고가 법률 규정을 그대로 따른 것에 불과하다”고 설명했다.

이어 “원고는 블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업이 창업벤처중소기업에서 제외된 것은 2019년부터이므로, 원고의 2018 사업연도 법인세 감면을 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다”며 “그러나 이 사건 처분은 원고가 조세특례제한법상 창업벤처중소기업의 범위에서 제외됐다는 것을 이유로 한 것이 아니고, 벤처기업확인 취소처분이 있었음을 이유로 한 것에 불과하다”고 판단했다.

또 “벤처기업 확인 취소 사유가 발생한 경우 벤처기업 확인 유효기간 중이라도 언제든지 벤처기업 확인이 취소될 수 있다”며 “법령 개정 및 그에 다른 벤처기업 요건 결여 등과 무관하게 벤처기업 확인이 유효기간 동안 존속할 것이라는 신뢰를 부여했다고 보기도 어렵다”고 판시했다.