잔금일 조정 탓에…6일간 '1세대 3주택' 보유, 법원 "양도세 중과 부당"

[이데일리 하상렬 기자] 대체주택 잔금지급을 위해 잔금일을 앞당겨 양도일 기준 1세대 3주택자가 된 사람에게 양도소득세를 중과한 처분은 위법이라는 법원 판결이 나왔다. 법원은 ‘특별한 사정’이 인정돼 ‘장기보유특별공제’를 적용할 수 있다고 봤다.

서울 서초구 서울행정법원.(사진=이데일리DB)

서울행정법원 행정12단독 최선재 판사는 A씨가 강서세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 소송에서 원고 승소 판결했다고 19일 밝혔다.

A씨는 2009년 10월 서울 영등포구 소재 아파트를 배우자와 절반씩 취득해 보유하다가 2019년 12월 타인에게 15억6000만원에 양도했다. A씨는 해당 주택이 ‘1세대 1주택 고가주택’에 해당한다고 보고, 9억원을 초과하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제 및 일반 세율을 적용해 2020년 2월 양도소득세 120만원 상당을 신고·납부했다.

그런데 2020년 12월 A씨는 세무당국으로부터 2019년 귀속양도소득세 3678만원을 경정고지 받았다. 세무당국이 A씨가 해당 아파트 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택을 소유하고 있었다며, 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(일반세율 20% 가산)을 적용한 것.

당시 영등포구 아파트 외에 서류상으로 A씨가 자신 명의로 서울 양천구 장기임대주택을, 배우자와 절반씩 서울 강서구 주택을 소유하고 있었던 것이 화근이 됐다.

A씨는 세무당국 처분에 불복해 조세심판원에 심판청구를 했지만 지난해 9월 기각됐고, 법원을 찾았다. A씨는 “영등포구 아파트를 양도하는 과정에서 대체주택인 강서구 주택의 잔금지급을 위해 잔금일을 앞당긴 것”이라며 “양도일 기준 형식적으로 1세대 3주택자에 해당했지만, 사회통념상 6일간 3주택을 일시적으로 보유할 수밖에 없었던 특별한 사정이 있었다”고 주장했다.

법원은 A씨 측 주장을 받아들였다.

최 판사는 “양도 당시 원고가 보유한 3개의 주택을 주택 수에서 배제할 법령이 없어 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당한다”면서도 “‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 봐 양도소득세를 중과할 수 없다”고 판시했다.

최 판사는 이어 “이 사건 아파트에 장기간 거주하다가 주거를 이전하기 위해 대체주택을 취득해 이사했으므로 투기목적이 없고, 대체주택을 취득한 후 이 사건 아파트를 양도하기까지 소요된 기간이 6일에 불과해 주택거래의 현실 등에 비춰 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다고 봄이 상당하다”고 설명했다.