세수 구멍에 대기업 투자 세금감면 축소…"1조 걷으려 성장동력 훼손"

15일 오후 청와대 영빈관에서 ‘기업이 커가는 나라, 함께 잘사는 나라’라는 슬로건으로 열린 ‘2019년 기업인과의 대화’에 참석한 기업인들이 문재인 대통령의 발언을 경청하고 있다. 연합뉴스 제공

[세종=이데일리 이진철 기자] 기업의 연구개발(R&D) 활동에 대한 법인세 등을 깎아주는 조세지원 제도는 대기업과 중소기업이 차등적인 세액공제율을 적용받고 있다. 대기업의 일반 연구개발 비용의 세액공제율은 0~2%에 불과하지만 중소기업은 25%로 차등지원 정도가 최소 12.5배에 달한다.

정부는 2013년 8조5000억원, 2014년 11조원의 세수 결손이 발생하자 세제개편을 통해 대기업 세액공제율을 인하했다. 하지만 초과세수 규모가 2016년 9조900억원을 기록한 데 이어 2017년은 14조3000억원으로 증가했다.

지난해에는 초과세수가 25조원을 돌파해 사상 최대치를 경신할 것으로 전망되면서 대기업의 혁신성장 기초자산을 형성하는데 기여하는 연구개발 비용에 대한 세액공제를 다시 확대해야 한다는 주장이 나오고 있다.

자료: 국세통계연보 (조특법 10조)

그러나 기재부는 대기업 세액공제 확대에 부정적인 입장이다.

기재부 관계자는 “기업의 경쟁력 제고를 위한 R&D 투자는 생존을 위한 본연의 활동”이라며 “세액공제를 확대하면 대기업들이 R&D 투자를 더 늘릴 것인지도 확실하게 검증된 것은 없다”고 말했다. 이 관계자는 “대기업에 비해 자금력 등이 열악한 중소기업에 대해선 차등 조세지원을 하는 것”이라고 덧붙였다.

히든 챔피언 강국으로 알려진 독일은 기업의 연구개발에 대한 조세지원 제도가 없다. 우리나라의 민간기업 연구개발 조세지원제도에 따른 조세지출 규모는 2015년 GDP의 0.18% 수준으로 경제협력개발기구(OECD) 회원국 중에서 벨기에(0.33%), 프랑스(0.28%), 아일랜드(0.27%)에 이어 4번째로 높다. 미국과 중국은 GDP의 0.07% 수준이다.

정부는 2018년도 세법 후속 시행령 개정을 통해 현행 157개 신성장기술 R&D 비용 세액공제 적용대상에 블록체인, 미세먼지 저감기술, 웨어러블 로봇, 전기차용 초고속·고효율 무선충전 시스템, 양자 컴퓨터 등 16개 기술을 추가했다.

이로써 현재 157개인 신성장기술 R&D 비용 세액공제 적용대상은 173개로 늘어났다. 이러한 기술 연구개발에 들어간 비용은 중소기업은 30∼40%, 대·중견기업은 20∼30%의 세액공제가 차등 적용된다.

정부는 오히려 기업들이 세액공제를 받는 R&D 비용의 적격성 검증을 강화하기 위해 연구보고서 등 증빙자료를 제출하고, 사전심사 제도를 신설했다. 2020년부터 국세청이 일반·신성장 R&D 비용 관련 사항을 사전에 심의하도록 했다.

김학수 한국조세재정연구원 선임연구위원은 “세제를 강화해 인위적으로 세수입을 증가시키느냐 아니면 경제성장을 통한 세원의 확대로 자연적 세수 증가를 도모할 것인가는 정책적 선택의 문제”라고 말했다.

그는 “연구개발 행위에 대한 정부지원을 축소함으로써 확보된 연간 1조원 미만의 추가 세수확보의 대가로 향후 혁신성장의 밑거름을 훼손하는 부정적 효과가 나올 수도 있다”고 지적했다.

한편 정부는 지난 15일 청와대에서 열린 기업인 간담회에서 기업 활동 지원 방안과 관련, 기획재정부와 대한상공회의소가 공동으로 참여하는 대규모 투자프로젝트 전담반을 가동하기로 했다.

일자리 투자 활성화를 위해 △현대차 신사옥인 서울 삼성동 글로벌비즈니스센터(GBC·3조7000억원) △반도체 특화클러스터 프로젝트(1조6000억원) △창동 K-팝(Pop) 공연장 건설 프로젝트(5000억원) △서산 자동차 주행시험로 프로젝트(2000억원) 등의 조기 착공 지원업무를 맡게 된다.

조기착공 추진 대규모 프로젝트