당초 한국조세연구원 등에서 세금우대종합저축이 고소득자의 세금회피수단이 되고 저축을 장려하기 위한 목적을 어느정도 달성한만큼 이를 폐지해야한다고 건의했지만, 정부는 당분간 유지하기로 했다.
이에 따라 2008년 말까지 가입분은 일반인 1인당 2000만원에 한해서 이자소득과 배당소득에 대해 9%의 저율 분리과세가 그대로 적용된다.
올해 말 이전 가입분 중에서 만기가 설정되지 않은 저축의 경우에는 무한정 혜택을 받을 수 있기 때문에 2009년까지 3년간만 4000만원 한도내에서 혜택을 주고 이후에는 2000만원만 인정키로 했다.
60세 이상 노인(여자는 55세 이상)과 장애인, 기초생활수급자, 국가 유공자 등이 가입할 수 있는 생계형 저축의 경우에는 오는 2008년까지로 시한을 설정하고, 3000만원 저축한도는 유지키로 했다.