기획재정부가 7일 발표한 세법개정안에 따르면, 농협은 구조개편과 관련 분할 및 주식교환 과정에서 발생하는 세금에 대해 주식 매각때까지 납부를 연장(이연)하거나 면제받는다.
농림수산식품부 관계자는 "농협이 당기순이익을 1조~1조2000억원 낸다고 가정하면 구조개편으로 발생하는 세금에 대해 최소 8000억원 정도 과세특례혜택을 받을 것으로 예상된다"고 말했다.
구조개편으로 자산을 양도하면 차익에 대한 법인세가 발생하지만 과세가 이연된다.
또 설립되는 지주회사 등이 주식을 이전하거나 교환하면 증권거래세가 발생하지만 면제조항을 신설했다. 이를 통해 농협은 4000억원 이상(2008년 기준 부담세액 4348억원)의 세제혜택을 받을 것으로 보인다.
아울러 중앙회의 회원조합에 대한 무상대여금 회수 후 지주회사에 대한 출자전환시 발생하는 법인세도 추징대상에서 배제된다.
농협은 지난 2009년 여기서 발생하는 법인세 부담세액이 5167억원(2008년 기준)에 달할 것으로 추정했었다.
세법개정안은 농협 구조개편 때 발생하는 세금 뿐만아니라 구조개편 이후 운영과정에서 발생하는 세금에 대해서도 일정 정도 면제받도록 규정했다.
현재 농협중앙회의 고유목적사업 준비금 손금 산입 한도가 수익사업 소득금액의 60%로 제한돼 있지만 세법 개정안은 이자·배당소득 한도를 100%로 조정한 것을 비롯해 명칭사용료 70~100%, 그외 수익사업소득 50% 등으로 조정했다.
이와 함께 농협중앙회가 지주회사 및 그 자회사에 대해 공급하는 명칭사용용역 및 전산용역에 대해 부가가치세를 면제토록 하는 조항도 신설됐다.
기획재정부측은 "농협개편의 공익적 측면을 고려해서 세부담이 크게 늘지 않도록 했지만, 2013년 12월31일까지 2년간 한시적인 것"이라고 말했다. 일종의 `일몰제`로 다시 연장되지 않는 한 이후 발생하는 세금은 농협이 그대로 부담하게 된다.
이밖에 농협구조 개편 전에 체결한 공제계약(보험계약)에서 발생하는 수입금액에 대해서는 교육세 0.5%를 면제토록 해 농협의 원활한 구조개편을 측면 지원토록 했다.