첫째, 상가를 취득하는 경우 간이과세자로 할 것인가 일반과세자로 할 것인가의 판단이 우선이다. 연간 예상수입금액이 4800만원을 넘지 않는 경우 간이과세자가 유리하다. 연간 예상수입금액이 4800만원을 넘는다면, 중요한 것은 건물 구입분에 대한 부가가치세를 환급 받으면서 시작할 수 있는 것이다.
부가가치세 환급의 핵심은 사업자 등록 신청의 시기 이다. 상가 투자를 위해 대금을 계약금 중도금 잔금으로 받는 경우 사업자 등록은 대금지급일이 속한 과세기간(1.1~6.30, 7.1~12.31) 종료 후 20일 이내에 해야 한다. 이 기간을 넘기게 되면 사업자 등록에 대한 협력의무를 위반한 것으로 보아 부가가치세 환급을 해주지 않는다. 보수적으로 투자 시에는 계약금을 냄과 동시에 사업자 등록을 신청하는 것이 바람직하다.
상가의 부가가치세를 절세하기 위해 다운계약서를 쓰는 경우도 있는데 이는 당장 세금은 적게 내겠지만 합법적이지 않은 탈세로서 수년간의 세금과 가산세까지 과세된다. 상가 등 관리자의 인건비나 차량유지비등은 부가가치세 공제가 되지 않으므로 비용의 항목에 유의한다. 그러나 이 경우에도 소득세는 비용으로 인정받을 수 있다.
셋째, 처분 시에는 시기와 계약서가 중요하다. 부가가치세를 환급받은 임대사업은 10년이내에 폐업을 하게 되면 환급받은 금액을 분기로 계산하여 다시 내야 한다. 따라서 상가를 폐업하는 경우에는 다시 낼 부가가치세에 유의해야한다. 처분 시 계약서에 포괄양수도를 통해 상가를 양도하는 경우 부가가치세를 내지 않을 수 있다. 매입자는 세금을 환급받고, 매도인은 부가가치세를 내야하므로 과세당국입장에서는 실익이 없다. 따라서 계약 내용에 포괄 양수도 규정이 있고 세법상의 포괄 양수도 요건을 갖춘 경우에는 처분시에도 부가가치세를 내지 않을 수 있다.