사업자가 세금 부담을 줄이기 위해 다른 세금계산서를 구입해 오는 경우 부가가치세 제도의 근간이 흔들리게 된다. 따라서 실무적으로나 판례에서도 매입세액 공제를 못 받도록 돼 있다. 개인사업자는 매입도 인정받지 못하게 돼 소득세 등을 추가로 더 부담해야 한다. 특히 법인사업자는 법인세뿐만 아니라 비용을 대표가 가져간 것으로 봐 상여 처분되므로 소득세와 가산세를 내야 한다. 특히 관련 금액이 너무 커 조세범처벌법 적용을 받게 되는 경우엔 벌금이나 3년 이하의 징역까지 추가로 불이익을 받게 돼 다른 거래처에서 세금계산서를 받는 것은 피해야 한다.
② 세금계산서 늦게 발행해도 불이익
미 발행은 지연발행 기간을 넘기고 과세기간까지 넘겨 발행하는 경우에 해당한다. 미발행에 해당되면 매출자는 2%의 가산세를 부담하고 매입자는 매입세액 공제를 받지 못하게 돼 사업자간 분쟁이 생길 수 있다. 특히 프랜차이즈 본점과 가맹점간 또는 임대업시 인테리어 관련 비용 등은 금액이 클 수 있어 유의해야 한다.
다른 세금계산서를 발행하거나 늦게 발행하게 되면 불이익이 크므로 세법에서는 매입자가 발행하는 세금계산서 제도를 두고 있다. 이 제도는 매입자가 세금계산서를 발행해 매출자에게 주는 제도는 아니다. 매입자는 거래사실을 확인할 수 있도록 법에 따라 양식에 맞게 신청서를 작성해 관할 세무서에 제출, 확인을 받는 방식이다.
특히 이 제도는 거래대금증빙이 핵심이므로 돈을 지급했다는 통장 등의 거래증빙을 갖춰 놓는 것이 필수적이다. 다만 세금계산서 교부시기를 기점으로 3개월 이내에 신청해야 하므로 기한을 놓치지 않는 것이 중요하다. 특히 미발행으로 인해 매입세액공제를 받지 못하는 경우에도 이 제도를 이용하면 매입세액공제가 가능하므로 합법적인 절세가 가능하다.