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범인 체포를 위해 수사당국이 잠복까지 했으나 피해가 옆 마을까지 번졌다. 피해 마을이 작아 밤 10시 이후 목격자가 거의 없고 CCTV도 설치되지 않은 때라 경찰은 수사에 상당한 어려움을 겪었다.
경찰은 범인이 남긴 휴지 뭉치를 증거로 찾아 국과수에 감정 의뢰를 보냈으나 발견된 DNA가 누구 것인지는 확인하지 못했다.
이후 20년 가까이 지난 2019년 3월 대검찰청은 DNA와 일치하는 남성을 찾았다는 국과서 분석결과를 받았다.
한씨는 2004년부터 2009년까지 인천 경기 서울 등 수도권에서 범행을 계속해서 저질렀다. 강도강간 등 성범죄가 19건, 절도 등 그 밖의 강력범죄가 165건이나 됐다. 검찰은 결국 3월 공소시효 만료 하루 전 날 한씨를 기소했다.
실제로 제주 사건 담당 경찰은 20년 동안 범인 DNA와 일치하는 지 여부를 다른 사건들에서 지속적으로 찾고 있었다.
다만 한씨는 DNA 분석 결과가 조작됐다며 무죄를 주장하고 있다. 제주 사건에 무죄 판결이 나오면 한씨는 6년 뒤 출소하게 된다.