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대검찰청에 따르면 윤 총장은 이날 이수권 인권부장으로부터 해당 의혹 사건 진상조사 중간 결과를 보고받고 서울중앙지검 형사1부에서 조사하도록 지시했다. 중앙지검 형사1부는 민주언론시민연합이 지난 7일 유착 의혹 사건의 당사자로 지목된 채널A 이모 기자와 이름을 특정하지 않은(성명불상) 검사를 협박죄로 고발한 사건을 수사 중이다.
대검은 “윤 총장이 언론사 관계자, 불상의 검찰관계자의 인권 침해와 위법 행위 유무를 심도있게 조사하도록 지시했다”고 밝혔다.
대검은 “향후 인권부의 진상조사가 종료되는 대로 결과보고서를 중앙지검에 이첩할 계획”이라고 밝혔다.
이에 대검은 해당 검사장과 채널A의 입장을 듣고 지난 1일 오전 법무부에 보고했다. 하지만 법무부는 대검 보고가 기사 보도 상황과 각 당사자들의 입장만 정리된 형태라고 판단해 2일 정식 공문을 보내 진상조사를 지시했다. 같은 날 대검은 구체적 근거 확보를 위해 MBC와 채널A에 녹음파일, 촬영물, 녹취록 등 관련자료를 제공해달라는 협조 공문을 보냈다.
하지만 그 이후 진상조사와 관련해 딱히 진행되는 상황이 없자 한동수 대검 감찰부장은 지난 7일 병가로 출근하지 않은 윤 총장에게 `감찰에 착수하겠다`는 취지의 문자메시지를 보냈다. 윤 총장은 이에 대해 `(해당 사안의) 녹취록 전문을 파악한 후에 감찰 여부를 결정하자`는 취지의 입장을 대검 간부를 통해 감찰부에 전달한 것으로 알려졌다. 한 감찰부장의 감찰 통지를 두고 윤 총장의 승인 없이도 감찰 개시가 가능한 것인지 논란이 일기도 했다. 대검은 윤 총장의 지시로 인권부에서 진상조사를 진행했다.