앞서 법원은 교육청이 자사고 지정취소처분의 근거 및 이유를 충분히 제시했고 평가위원 선정은 재량행위로 적법했으며 평가단 또한 편향적으로 구성되지 않았다고 판단하면서 원고들이 주장한 절차적 위법성을 대부분 배척했다. 다만 법원은 2014년 처음 시행된 자사고 평가를 기준으로 교육청이 중대하게 변경된 평가기준, 특히 2019년 신설된 재량 지표 및 강화된 감사 등 지적사례 기준을 2018년 말에야 공표해 2015년부터 2019년까지의 운영성과 평가에 소급 적용한 것은 재량권 일탈·남용으로 위법하다고 판단했다.
교육청 재량 지표 또한 자사고의 지정 목적 달성 가능 여부를 판단하기에 적합한 지표였다고 주장했다. 2019년 교육청 재량 지표는 △학생참여 및 자치문화 활성화 △안전교육 내실화 및 학교폭력예방 근절 노력 △학부모 학교교육 참여 확대 및 지역사회와의 협력 △학교업무정상화 및 참여·소통·협력의 학교문화 조성 4개 항목으로, 2015년 자사고 운영성과 평가계획, 주요업무계획, 학교평가 가이드북을 통해 강조해온 교육청 역점 사업이 반영된 것이라는 설명이다. 이는 자사고의 지정 목적 달성 가능 여부를 판단함에 있어 자사고가 학교로서의 기본적인 역할을 제대로 수행하고 있는지를 살피기 위한 것으로 자사고 지정 목적과 무관하지 않다고 주장했다.
법원은 감사 등 지적사례의 경우 2014년 평가에 비해 변화된 배점의 폭과 내용에 차이가 크고 실제 원고들이 상당한 감점을 받은 점을 지적했는데 이에 대해서도 그는 “감사 등 지적사례의 감점 확대는 2013년 전국 자사고, 외고, 국제고 입학전형 감사 이후 사학의 공공성과 책무성을 강화하기 위한 초·중등교육법시행령 개정 취지를 반영한 것”이라며 “사회적 기대 수준을 고려했을 때 과도한 수준이 아니며 감사 등 지적사례가 다수 발생했다는 사실 자체가 부실·방만하게 운영됐음을 반증하는 것”이라고 강조했다.
조 교육감은 “배재고·세화고에 대해 자사고 지정을 취소한 것은 자사고의 책무성을 제고하고 자사고가 그 본연의 목적에 맞게 운영되도록 하기 위한 것”이라며 “이러한 공익은 학교들이 입게 되는 불이익에 비해 결코 작지 않다”고 강조했다. 이어 “서울시교육감은 2019년 자사고 운영성과 평가의 적법성과 그 결과에 따른 자사고 지정취소처분의 정당성을 끝까지 밝혀 고교 교육을 정상화하는데 최선을 다하겠다”고 밝혔다.